Les biocénoses aquatiques recèlent des espèces de la flore et de la faune très rares, dont certaines comptent aujourd'hui parmi les plus menacées à l'échelle européenne. Les sanctuaires naturels tels que le marais breton vendéen, le marais poitevin, les marais d'Aunis et de Saintonge et ceux de l'estuaire de la Gironde, accueillent plus de 200 espèces de la flore et de la faune protégées par la loi française et les directives européennes.
Les oiseaux marins et palustres, en général bien connus des usagers du littoral, sont, pour la plupart, protégés par la loi sur la protection de la Nature (loi n°76-629 du 10 juillet 1976) et la directive "oiseaux" (directive n°79/409/CEE du 02 avril 1979).
Les autres représentants de la faune et, plus précisément, les insectes, les amphibiens, les reptiles et les mammifères sont méconnus soit parce qu'ils sont nocturnes et farouches soit, tout simplement, parce que discrets ou trop petits.
Dans le cadre de la directive "Habitats-Faune-Flore" (directive n°92/43/CEE du conseil du 21 mai 1992), la France s'est engagée à protéger les espèces rares de la faune sauvage (excepté les oiseaux) ainsi que leurs habitats spécifiques.
Le Muséum d'Histoire Naturelle de La Rochelle présente ici les espèces concernées par cette directive et, principalement celles qui fréquentent les marais du littoral atlantique.

© Museum d'histoire naturelle de La Rochelle © Conseil des musées de Poitou-Charentes

La faune protégée des marais,
dans le cadre de la directive habitat 

Le littoral atlantique est renommé pour ses côtes sauvages et pour ses marais quadrillés de canaux, encadés de digues. Sur le plan écologique, se sont les oiseaux migrateurs qui en font toute la réputation.
Entre Loire et Gironde, les marais de l'Ouest, vastes de près de 250 000 hectares accueillent en toutes saisons, plus de 350 espèces d'oiseaux, tous statuts confondus. Au cœur des marais de l'Ouest, le marais poitevin à lui seul compte 136 espèces d'oiseaux nicheurs.