Au préalable, une première tranche de travaux, achevée en 1999, a permis la création de nouvelles réserves.

Situées en sous-sol, elles permettent aujourd'hui de garantir la conservation des objets selon les normes en vigueur.
L'aménagement des réserves a été pensé pour permettre un stockage optimal des objets (utilisation de compactus : étagères mobiles sur rails) et l'étude des pièces par les scientifiques (création de salles de laboratoire).
De même, le bâtiment Fleuriau rénové (ancienne orangerie) accueille désormais la bibliothèque scientifique et la conservation.
Le gros oeuvre est en cours dans le bâtiment Lafaille : les salles d'expositions permanentes aujourd'hui partiellement déménagées (quelques-unes restent accessibles au public) se transformeront en un vaste espace d'exposition distribué sur cinq niveaux.